طبق دستورالعمل کشوری تحت عنوان «دستورالعمل نحوه تشکيل، روش کار و شرح وظايف کارگروه/ کمیته های اخلاق در پژوهش»، الزامی است که «تمامی طرح‌های پژوهشي متعلق به گروه‌ها/ مراکز تحت پوشش دفتر تخصصی علوم پزشکی جهاددانشگاهی» و «طرح‌های پژوهشي مرتبط با انسان و حیوان متعلق به گروه‌ها/ مراکز تحت پوشش سایر دفاتر تخصصی جهاددانشگاهی» و «پایان نامه های مرتبط با انسان و حیوان متعلق به دانشگاه/ دانشکده/ موسسات آموزش عالی جهاددانشگاهی»، قبل از آغاز نسبت به اخذ كد اخلاق از یکی از «کارگروه/ كميته‌های اخلاق در پژوهش جهاددانشگاهی» اقدام نمايند. شایان ذکر است که طرح های پژوهشی شامل تمامی طرح‌های فناورانه، كارفرمايي، مصوب دفتر مركزی و مصوب داخلی است و طرح نامه ها قبل از اخذ کد اخلاق باید در یک «شورای علمی» تصویب شده باشند. جهت اخذ کد اخلاق برای طرح نامه طرح های پژوهشی و پایان نامه ها، به شرح ذیل اقدام شود:  

1) طرح نامه‌ «طرح‌های بين‌المللی» به «کارگروه اخلاق در پژوهش جهاددانشگاهی» ارسال گردد.  

2) طرح نامه مرتبط با «حیوانات آزمایشگاهی» به «کمیته تخصصی اخلاق در کار با حیوانات آزمایشگاهی جهاددانشگاهی» ارسال گردد.

3) «سایر طرح نامه ها» طبق روال ذیل ارسال گردند:

3-1) طرح نامه های دانشگاه علم و فرهنگ، دانشگاه علم و هنر يزد و موسسات آموزش عالی جهاددانشگاهی به «كميته اخلاق در پژوهش های زیست پزشکی دانشگاه علم و فرهنگ»

3-2) طرح نامه‌های پژوهشگاه ابن سينا، پژوهشكده گياهان دارويی، سازمان جهاددانشگاهی خوزستان، واحد علوم پزشكي شهيد بهشتی و واحد آذربايجان شرقی به «كميته اخلاق در پژوهش‌ های زیست پزشکی پژوهشگاه ابن سينا»

3-3) طرح نامه های پژوهشگاه رويان، دانشكده علوم پايه و فناوری های نوين علوم پزشكی، مركز ملي ذخایر ژنتيكی و زيستی ايران و واحد اردبيل به «كميته اخلاق در پژوهش های زیست پزشکی پژوهشگاه رويان»

3-4) طرح نامه های پژوهشكده معتمد، پژوهشكده علوم بهداشتی، پژوهشکده فناوری های ترمیم بافت و زخم، سازمان جهاددانشگاهی علوم پزشکی تهران، سازمان فعاليت های قرآنی و طرح نامه های ارسالی از دفتر تخصصی علوم انسانی، اجتماعی و هنر جهاددانشگاهی به «كميته اخلاق در پژوهش های زیست پزشکی پژوهشكده معتمد»

3-5) طرح نامه های سازمان جهاددانشگاهی استان خراسان رضوی، واحد قم و واحد فارس به «كميته اخلاق در پژوهش های زیست پزشکی جهاددانشگاهی مشهد»

3-6) ساير واحدها، پژوهشكده‌ها، پژوهشگاه‌ها، سازمان‌ها، مراكز و شركت‌های جهاددانشگاهی كه طرح پژوهشي/ پایان نامه در حوزه زيستی تعريف مي‌كنند، لازم است که جهت تعيين كميته اخلاق مربوطه با «دبيرخانه کارگروه اخلاق در پژوهش جهاددانشگاهی» تماس حاصل نمایند.